L'acte caractéristique de notre raison est évidemment le raisonnement dont l'étude sera la partie centrale de la logique. Mais le raisonnement suppose le jugement et celui-ci requiert des concepts. D'où les trois chapitres de la logique formelle : A y étudie, en même temps que les trois actes de la raison, leur signes sensibles, à savoir l'argumentation, la proposition et le terme.
Le premier ouvrage de l'Organon traite du concept, produit par la simple appréhension, et de son signe qui est le terme. Son but étant d'apprendre à l'esprit le classement de ses concepts, la question principale est la distribution des idées en catégories. Mais la méthode demande que l'on étudie d'abord les "divers modes selon lesquels une notion abstraite peut être attribuée à un sujet". Il y en a cinq, appelés prédicables : le genre, l'espèce, la différence spécifique, le propre et l'accident.
On peut ensuite ranger les concepts ou dix genres suprêmes appelés prédicaments ou catégories (du Grec qui signifie objet d'attribution) qui sont le six modes d'être les plus généraux, irréductibles les uns aux autres. Ils embrassent tous les aspects de la réalité physique, objet direct des sciences. La philosophie naturelle les étudie selon leur constitution propre (point de vue ontologique), la logique classe sous chaque genre suprême les séries de prédicats qui s'y rattachent selon les genres, différences et espèces. Ainsi les catégories logiques sont des calques rationnels des modes de la réalité, et si l'on y distingue deux sortes d'éléments, l'un matériel, l'autre formel, il appartient aux sciences réelles d'en constituer le matériel, à savoir les concepts directs correspondant aux modes de la réalité et à la logique, l'élément formel, à savoir, la classification de ces concepts en séries de genres et de différences subordonnées, de sorte que le progrès de ces deux sciences sont parallèles.
Enfin A aborde certaines notions générales qui ont leur application dans tous les prédicaments ou dans plusieurs (les postprédicaments) : l'opposition, la priorité et la postériorité, la simultanéité, l'avoir, le mouvement. Au dessus des catégories qui sont des concepts univoques, il place les transcendentaux qui sont des concepts analogues.