Malebranche, en acceptant le cartésianisme dans ses thèses maîtresses, veut garder toute liberté de le corriger et de le compléter. Sa formation théologique et surtout son admiration pour saint Augustin, lui permet d'approfondir et de critiquer un des points faible du système : l'innéisme des idées claires et leur rapport avec Dieu, source de leur vérité. Mais en même temps, sa fidélité à la foi catholique l'empêchait d'aller jusqu'à la pleine unification de sa pensée. Aussi trouve-t-on deux principes fondamentaux dans sa philosophie.
Principe de l'idée claire
Ce premier principe est tout entier emprunté au cartésianisme. Il énonce qu'il faut accepter pour vrai uniquement ce qui est contenu dans l'idée claire, lorsqu'on le voit avec évidence. De là son mépris de l'expérience, de l'érudition, et le caractère déductif a priori de ses théories.
Principe de l'infini
Ce principe est plus original mais il est moins absolu. L'infini est l'idée claire suprême. Elle est tellement souveraine qu'elle paraît capable de tout unifier et expliquer. Mais, parce que l'acceptation franche de ce principe conduit au panthéisme, M préfère compliquer un peu son système et admettre quelque déficience dans la valeur de nos idées claires.